生物信息学软件(生物软件,会用这个就够了)


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生物信息学软件(生物软件,会用这个就够了)Geneious是一款综合性的生物信息学软件,用于分析和处理生物信息学数据,支持序列对比和系统学分析、引物设计、克隆和限制性分析、使用NCBI和EMBL,、BLAST、蛋白质结构查看、自动化医学搜索等功能。

下载安装
下载地址http://geneious.com/download包括Windows, Mac, and Linux版本。需要Java程序的支持。
Geneious主窗口
包括四个界面,来源面板,文件列表,文件视图与帮助面板。生物软件,会用这个就够了
数据来源面板
显示了保存的文件与提供的服务。可以查看自己的文件,进入NCBI(Gene, Genome, Nucleotide, PopSet, Protein, Pubmed, SNP, Structure and Taxonomy等数据库),进入EMBL(Uniprot.数据库),共享自己的数据库(需要安装),查看同事的数据库(需要安装)。
文件列表
显示了文件夹内各种类型的文件。点击文件在下面窗口可以看到内容,对类型相似的文件可以多选,共同查看。双击可以查看具体内容。可任意排序、调整。生物软件,会用这个就够了
文件视图
可以查看序列,比对,树,3D结构,文章摘要等。生物软件,会用这个就够了生物软件,会用这个就够了生物软件,会用这个就够了生物软件,会用这个就够了生物软件,会用这个就够了
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生物软件,会用这个就够了会有以上几个选项,分别是分享、分屏浏览、充满窗口、新窗口、帮助。
帮助窗口
会显示实时帮助生物软件,会用这个就够了
工具条
生物软件,会用这个就够了具有许多功能,右键可以自定义
功能条
生物软件,会用这个就够了
文件栏
生物软件,会用这个就够了新建文件夹、重命名文件夹、改变文件夹颜色、移动文件夹、删除、清除、恢复、全部清除、保存、另存为、下载、停止下载、备份文件、恢复备份、输出、导入、打印、保存为图像、退出
编辑栏
生物软件,会用这个就够了撤销、恢复、剪切、复制、黏贴、黏贴(去注释)、黏贴反向互补序列、删除、全选、标注已读文件、标注未读文件、设定文件夹颜色、在文件中查找、查找上一项、查找下一项、查找重复、批量重命名、移至下一处不一致、移动到碱基
视图栏
生物软件,会用这个就够了后退、前进、历史、搜索、代理人(自动搜索科研进展)、下一个未读文件、显示选项、在新窗口打开文件、扩大视图、横向分屏、纵向分屏、文件窗口。
工具栏
生物软件,会用这个就够了比对、拼接、建树、引物、克隆、BLAST、添加/删除数据库、物种分类、16s多样性、提取注释、提取Mauve比对区域、移除比对列、连接序列或比对、提取一致序列(针对比对)、工作流程、插件、参数
序列栏
生物软件,会用这个就够了新建序列、提取区域、反向互补序列、翻译、撤销翻译、环形视图、自由gap比对、改变计数起点、转换RNA及DNA、设定reads用于拼接、设定read方向、按照ID切割序列文件、将多序列合并,按照列表提取序列
注释、预测栏
生物软件,会用这个就够了修整低质量序列、按照数据库来注释、查找ORF、搜索模体、查找变异/SNP、查找低/高覆盖区域、计算表达量、比较表达水平、翻译注释、比较注释、优化密码子
帮助栏
生物软件,会用这个就够了帮助、教程、在线资源、检测更新、获得支持、激活、安装生产管理软件系统、使用流动号、解除激活、在线购买、有关Geneious。
导入、输出和查找

从硬盘导入序列

点击File → Import → From file.
生物软件,会用这个就够了
输入格式

输入格式支持几乎所有格式

Format

Extensions

Data types

Common sources

BED

*.bed

Annotations

UCSC

Common Assembly Format

*.caf

Contigs

Sequencher

Clustal

*.aln

Alignments

ClustalX

CSFASTA

*.csfasta

Color space FASTA

ABI SOLiD

DNAStar

*.seq, *.pro

Nucleotide & protein sequences

DNAStar

DNA Strider

*.str

Sequences

DNA Strider (Mac program), ApE

Embl/UniProt

*.embl, *.swp

Sequences

Embl, UniProt

Endnote (8.0 or 9.0) XML

*.xml

Journal article references

Endnote,Journal article websites

FASTA

*.fasta, *.fas, etc.

Sequences, alignments

PAUP*,ClustalX, BLAST, FASTA

FASTQ

*.fastq, *.fasq

Sequences with quality

Solexa/Illumina

GCG

*.seq

Sequences

GCG

GenBank

*.gb, *.xml

Nucleotide & protein sequences

GenBank

Geneious

*.xml, *.geneious

Preferences, databases

Geneious

Geneious Education

*.tutorial.zip

Tutorial, assignment etc.

Geneious

GFF

*.gff

Annotations

Sanger Artemis

MEGA

*.meg

Alignments

MEGA

Molecular structure

*.pdb, *.mol, *.xyz, *.cml,

*.gpr, *.hin, *.nwo

3D molecular structures

3D structure databases and programs

Newick

*.tre, *.tree, etc.

Phylogenetic trees

PHYLIP, Tree-Puzzle, PAUP*, ClustalX

Nexus

*.nxs, *.nex

Trees, Alignments

PAUP*, Mesquite, MrBayes & MacClade

PDB

*.pdb

3D Protein structures

SP3, SP2, SPARKS, Protein Data Bank

PDF

*.pdf

Documents, presentations

Adobe Writer, LATEX, Miktex

Phrap ACE

*.ace

Contig assemblies

Phrap/Consed

PileUp

*.msf

Alignments

pileup (gcg)

PIR/NBRF

*.pir

Sequences, alignments

NBRF PIR

Qual

*.qual

Quality file

Associated with a FASTA file

Raw sequence text

*.seq

Sequences

Any file that contains only a sequence

Rich Sequence Format

*.rsf

Sequences, alignments

GCGs NetFetch

Comma/Tab Separated Values

*.csv, *.tsv

Spreadsheet files

Microsoft Excel

SAM/BAM

*.sam, *.bam

Contigs

SAMtools

Sequence Chromatograms

*.ab1, *.scf

Raw sequencing trace & sequence

Sequencing machines

VCF

*.VCF

Annotations

1000 Genomes Project

Vector NTI sequence

*.gb, *.gp

Nucleotide & protein sequences

Vector NTI

Vector NTI/AlignX alignment

*.apr

Alignments

Vector NTI, AlignX

Vector NTI Archive

*.ma4, *.pa4, *.oa4,

Nucleotide & protein sequences,

*.ea4, *.ca6

enzyme sets and publications

Vector NTI

Vector NTI/ContigExpress

*.cep

Nucleotide sequence assemblies

Vector NTI

Vector NTI database

VNTI Database

Nucleotide & protein sequences,

enzyme sets and publications

Vector NTI

从公共数据库导入数据

可以从NCBI和UniProt下载数据,搜索起来很方便

生物软件,会用这个就够了

生物软件,会用这个就够了

输出文件格式
输出格式有很多

Data type

Export format options

DNA sequence

FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious

Amino acid sequence

FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious

Chromatogram sequence

ABI, Geneious

Sequence with quality

FastQ, Qual, Geneious

Annotation

GFF, BED, Geneious

Multiple sequence alignment

Phylip, FASTA, NEXUS, MEGA, Geneious

Assembly

Phrap ACE, Geneious, SAM/BAM

Phylogenetic tree

Phylip, FASTA, NEXUS, Newick, MEGA, Geneious

PDF document

PDF, Geneious

Publication

EndNote 8.0, Geneious

Graphs

CSV, WIG

Document Properties

CSV, TSV, Geneious

管理本地文件

文件种类包括序列文件、引物文件、酶文件、染色体文件、contig、蛋白序列、发育树、3D结构、序列比对文件、文章、pdf、其他

生物软件,会用这个就够了
可以搜索和过滤文件

生物软件,会用这个就够了

创建、查看和编辑序列
序列视图生物软件,会用这个就够了基因组视图生物软件,会用这个就够了
侧控制栏:普通、图像、表格、注释、实时注释和预测、限制性分析、其他、统计生物软件,会用这个就够了放大、缩小、移动生物软件,会用这个就够了各种可视化效果生物软件,会用这个就够了改变碱基颜色、各种显示效果生物软件,会用这个就够了
显示核酸、互补链、翻译,可选密码子与蛋白质颜色生物软件,会用这个就够了显示碱基、GC含量等生物软件,会用这个就够了显示注释生物软件,会用这个就够了可以进行注释和基因预测生物软件,会用这个就够了
可以显示限制性酶切位点生物软件,会用这个就够了调整各种显示细节生物软件,会用这个就够了
实时统计所选区域的碱基、氨基酸、密码子使用等情况生物软件,会用这个就够了可以保存和载入设置的风格生物软件,会用这个就够了
抬头栏:序列视图、注释、点阵图、文本总结、信息生物软件,会用这个就够了左右移动、提取序列至新的文件、反向互补序列、翻译、加入/编辑注释、允许编辑、注释/预测、引物设计、保存生物软件,会用这个就够了
DNA、RNA、蛋白质结构查看
可以查看RNA、DNA结构生物软件,会用这个就够了可以查看蛋白质结构生物软件,会用这个就够了
利用注释工作
可以查看,个性化风格、导出表格、生物软件,会用这个就够了编辑注释生物软件,会用这个就够了提取注释生物软件,会用这个就够了导入注释生物软件,会用这个就够了比对几个基因组的注释生物软件,会用这个就够了
序列比对
可进行双序列、多序列、基因组比对,翻译成蛋白质比对、点阵图生物软件,会用这个就够了比对结果峰图显示生物软件,会用这个就够了比对结果序列显示

生物软件,会用这个就够了

拼接和mapping
从头拼接、Map到参考序列生物软件,会用这个就够了序列质量过滤生物软件,会用这个就够了查看contig生物软件,会用这个就够了编辑contig生物软件,会用这个就够了分析拼接和比对查找多态位点、SNP、计算和比较表达量
建树生物软件,会用这个就够了对树进行美化生物软件,会用这个就够了
引物设计
可以设计引物、克隆引物、遗传分析用的大量引物、批量设计引物、生物软件,会用这个就够了克隆

查找限制性酶切位点、CRISPR位点查找等等功能

BLAST设定参数生物软件,会用这个就够了结果生物软件,会用这个就够了


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